해병대수사단이 지난여름 실종자 수색 중 사망한 채아무개 상병 사망 사건 조사를 끝내고 사건을 경북경찰청에 이첩한 직후, 대통령실 국가안보실과 해병대사령관 쪽 간에 전화통화가 있었던 사실이 확인됐다. 통화 직후 국방부는 사건을 되가져가겠다고 경찰에 통보했다. 그동안 대통령실은 이첩 및 회수 과정을 군으로부터 보고받지 않았고 관련 지시를 한 적도 없다고 부인해왔다. 사건 회수에 대통령실의 개입이 있었다고 볼 수 있는 유력한 정황이지만 군검찰은 당시 통화와 관련해 어떤 조사도 하지 않았다. 대통령실 개입 의혹을 밝히려면 특별검사 도입이 불가피하다는 지적이 나온다.