앞서 두 번의 공판준비기일에서 재판장은 검찰 공소장과 증거목록 내용을 조목조목 지적하며 공소장 변경을 요구했다. 크게 4가지 내용을 문제 삼았다.

첫째, ‘윤석열 명예훼손’ 사건과 아무 관련이 없는 소위 ‘이재명 공산당 프레임’. 둘째, 뉴스타파와 관련이 없는 타 언론사(한겨레, 중앙일보, 한국일보, CBS 등) 보도 내용. 셋째, 아직 재판 결과가 나오지 않은 쟁점에 대한 검찰의 일방적 표현, 넷째, 윤석열 명예훼손과 상관없는 증거목록 등이다. 공판준비기일에서 허경무 재판장은 “윤석열 명예훼손과 이재명의 공산당 프레임이 무슨 관계가 있나”, “명예훼손 사건 공소장이 아니라 공직선거법 사건 공소장처럼 보인다”, “제가 증거목록을 검토하다가 폭발해서…” 라고 말해 여러 언론에 보도되기도 했다.